Từ năm 1995 – 2003: Chuyên viên Vụ Y tế dự phòng.[1]
Từ năm 2003 - 5/2005: Trưởng phòng Kiểm soát và phòng, chống HIV/AIDS, Cục Y tế dự phòng và phòng, chống HIV/AIDS.[1]
Từ tháng 6/2005 - 2/2008: Phó Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS Bộ Y tế, Bí thư Chi bộ, Phó Bí thư Đảng bộ Cục phòng chống HIV/AIDS.[1]
Từ tháng 3/2008 - 11/2011: Cục trưởng Cục phòng, chống HIV/AIDS, Bí thư Đảng bộ Cục phòng, chống HIV/AIDS. Trưởng Bộ môn HIV/AIDS Trường Đại học Y tế công cộng. Phó Giáo sư kiêm nhiệm tại Trường Đại học Griffith, Úc.[1]
Ngày 24/12/2011, theo quyết định số 2383/QĐ-TTg, ngày 14/12/2011, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng bổ nhiệm ông Nguyễn Thanh Long giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Y tế.[2]
